Природно-заповедный фонд Ярославской области составляет 456, 3 тыс. га (12, 5% территории области) и включает в себя следующие виды охраняемых территорий: Дарвинский заповедник (50 тыс. га), национальный парк «Плещееве озеро» (23, 5 тыс. га), 36 заказников (364, 3 тыс. га), в числе которых 19 охотничьих (309, 5 тыс. га), 375 памятников природы (46, 2 тыс. га), среди них лесопарки и старинные парки, урочища, болота, озера, реки, геологические обнажения и др. Кроме этих видов особо охраняемых природных территорий в области находятся под охраной особо защитные участки леса, защитные леса и леса зеленых зон, отнесенных к первой группе, водоохранные зоны и прибрежные полосы водоемов, защитные и запретные полосы вдоль железных и автодорог.
На территории Ярославской области расположена часть Дарвинского биосферного заповедника (основан в 1945на полуострове в северо-западной части Рыбинского водохранилища на территории Череповецкого р-на Вологодской обл. и Брейтовского р-на Ярославской области для изучения этапов развития водохранилища и воздействия его на природные комплексы; общая пл. 112,7 тыс.га).
Природно-исторический национальный парк «Плещеево озеро» (основан в1998 с целью сохранения уникального природно-исторического комплекса в районе Переславля-Залесского и Плещеева озера; общая пл. 23,8 тыс. га).
Заказник федерального значения «Ярославский» (создан в 1958 на терр. Даниловского и Некрасовского районов в целях охраны типичной и уникальной фауны, а также как резерват охотничьей фауны, способствующий расселению диких животных; общая пл. 14,3 тыс. га).